Amatorskie misje stratosferyczne mogą również mieć charakter edukacyjny.
W tym obszarze mogą być przeprowadzone badania z zakresu fizyki, chemii, biologii i innych dziedzin naukowych. Misje te pozwalają również na testowanie nowych technologii w warunkach, które są podobne do tych, jakie panują w kosmosie. Na przykład, mogą być testowane nowe materiały, które mają być użyte w konstrukcjach statków kosmicznych, czy nowe sposoby zasilania elektrycznego, które mogą być wykorzystane na pokładzie pojazdów kosmicznych.
Ponadto, amatorskie misje stratosferyczne mogą również mieć charakter edukacyjny, służąc jako narzędzie do zainteresowania młodych ludzi nauką i technologią. W ramach takich misji często przeprowadza się projekty szkolne, w których uczniowie mogą zbudować swoje własne urządzenia, takie jak kamery lub sensory, które mogą zostać umieszczone na pokładzie balonu.